Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga sekolah dasar. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, memimpinnya untuk memilih Akademi Militer Nasional daripada menghadiri universitas top Amerika, meskipun pencapaiannya di sekolah menengah yang tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh badan intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepakbola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Menariknya, selama waktu ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
