ACEH – Dua hari sebelum PON dimulai, Menpora Dito Ariotedjo menerima keluhan dan laporan dari para atlet terkait masalah konsumsi. Dito langsung merespons dengan menggelar rapat bersama pihak PB PON Aceh untuk membahas keluhan tersebut. Namun, hingga saat ini, permasalahan konsumsi tersebut belum mendapatkan solusi yang baik. Hal ini membuat para atlet ramai-ramai memposting kondisi makanan yang dianggap tidak layak dan sering terlambat.
Selain itu, pada Rabu malam, 11 September 2024, kapten tim sepak bola putra Sumatera Utara, Alif Eka Risky, mengalami pemukulan oleh beberapa pemain dari kontingen Papua Barat di salah satu hotel di Banda Aceh. Tim Papua Barat menuduh tim Sumut bermain tidak fair setelah hasil imbang tanpa gol melawan Sulteng yang menyebabkan tim Papua Barat gagal lolos karena hanya mengumpulkan lima poin.
Terjadi juga keributan saat laga perempat final sepak bola putra Aceh vs Sulawesi Tengah di PON XXI Aceh-Sumut 2024. Wasit Eko Agus Sugiharto bahkan dipukul oleh salah satu pemain Sulteng selama pertandingan berlangsung di Stadion Dimurthala, Banda Aceh pada Sabtu, 14 September 2024. Akibat insiden tersebut, tim sepak bola putra Aceh lolos ke babak semi-final setelah Sulteng memutuskan untuk mundur karena merasa kepemimpinan wasit tidak adil.
Selain itu, atap venue cabang olahraga menembak PON XXI Aceh-Sumut di Mata Le, Aceh Besar, Ambruk saat pertandingan sedang berlangsung karena faktor cuaca ekstrem dan pengerjaan yang belum selesai. Kejadian lain terjadi pada venue basket dalam kompleks Stadion Harapan Bangsa, Lhong Raya, Banda Aceh, dimana kaca jendela pecah karena terkena angin kencang dan hujan. Sejumlah penonton terluka akibat pecahan kaca saat pemain dari tim Sumatera Utara dan Sulawesi Selatan masuk lapangan untuk laga basket 3×3 beregu putri.
